圣婴教堂起初是由一个奥斯定会教士安德烈斯·德·乌达内塔(Andrés de Urdaneta)在1565年4月28日年创建。这首座教堂由土、硬木以及水椰(Nypa fruticans)建构。这些材料都是1566年由神父圣地亚哥·德·埃雷拉(Fr. Diego de Herrera)订购的。1735年，宿雾总督费尔南多·巴尔德斯·y·多闻(Fernando Valdés y Tamon)下令将教堂改用坚硬的岩石建造。该教堂建在前一个教堂的基址上。建设完成于1739年。1965年，在菲律宾皈依基督教四百年之际，教宗保禄六世将本教堂升格为乙级宗座圣殿。